发酵食品研究中心由传统发酵食品和果蔬发酵食品两个团队组成。传统发酵食品团队以郫县豆瓣、白酒及果酒果醋为研究对象，主要开展郫县豆瓣梯度减盐技术研究、白酒品质化学成分和功能微生物解析技术研究及果酒果醋精深加工关键技术研究。果蔬发酵食品团队以四川泡菜为研究对象，围绕蔬菜原料筛选、发酵过程微生态调控、发酵后冷杀菌及贮藏技术等开展研究，并建立西南地区特色发酵菌种资源库。
      中心现有核心成员15人，其中研究员2人，副研究员1人，博士8人。主持和参与国家重点研发、科技部国际合作项目、国家自然科学基金、四川省杰出青年科学基金、四川省重点研发等各类项目30余项，科研经费达1000余万元；发表论文60余篇，在Food Chemistry，Journal of Agricultural and Food Chemistry及Food Research International等期刊上收录 SCI论文40余篇，授权发明专利5件。与韩国食品研究院、日本国立遗传学研究所、加拿大阿尔伯塔大学、哥本哈根大学、江南大学、四川农业大学、西南大学、南京农业大学等多所高校、科研院所展开紧密合作。主持或参与建设了省级技术工程实验室1个，院级中试平台1个，与10余家大型企业开展科技合作，共建产业技术研究中心2个。
      主要研究方向：
      发酵蔬菜专用蔬菜原料品种发酵适应性评价：建立能够筛选和评价芥菜品种加工品质的方法，明确不同芥菜品种的加工特性，深度挖掘市场酸菜需求与芥菜特性间的关系，建立酸菜加工专用芥菜品种的特征数据库，从季节供应性、加工品质特征等考虑，丰富加工原料的选择与供应，促进优质专用芥菜品种的选育与应用。
      蔬菜发酵过程微生态调控技术研究：解析传统四川泡菜不同风味品质所对应的特征风味物质，揭示核心微生物组与产品特征风味物质的关系，利用微生态重构技术制备核心微生物组菌剂并优化发酵工艺，该技术能有效提升低盐泡菜发酵过程的可控性，并对产品贮藏期的色泽、风味品质劣化有明显的缓解作用。
      发酵蔬菜冷杀菌、冷钝酶技术等新型贮藏保鲜技术研究：以高压低温等离子冷杀菌技术为基础，采用现代质谱、电子鼻、电子舌等技术以及感官分析相结合的手段，辅以多元统计分析、杀菌动力学以及模糊数学等建模方法，建立一种感官品质损耗小、高效、绿色低碳的包装发酵蔬菜新型冷杀菌技术。
      发酵蔬菜中功能性物质挖掘及益生机理研究：对发酵蔬菜中潜在功能性成分进行富集提取，采用细胞试验、动物试验等方法挖掘特殊成分的益生功能，并揭示益生机理，以提高发酵蔬菜产品附加值。
      郫县豆瓣梯度减盐技术研究：采用现代生物技术、质谱解析及功能微生物定向调控等技术将郫县豆瓣酱食盐含量由市售18-22%，降到10-12%，减盐幅度达到30%以上，缩短发酵时间3个月以上，同时风味品质得到有效提升。
      白酒品质化学成分和功能微生物解析技术研究：围绕“川酒”健康成分和功能微生物，与泸州老窖（国家固态酿造工程技术研究中心）、剑南春等知名企业进行深度合作，为川酒品质的提升奠定了理论基础。
      果酒果醋精深加工关键技术研究：围绕果酒和果醋开展加工关键技术研究及产品开发，以脆红李、金菠萝、糯稻等为原料，开发出果酒、果醋、米酒等系列产品，解决了水果盛产和商品性不佳水果滞销问题。