四川省农业科学院水产研究所前身四川省宜宾鲟鱼人工繁殖放流站，1977年改扩建为四川省水产研究所，隶属四川省农业科学院。是四川省唯一一家以淡水渔业应用和开发研究为主的省级、公益性专业水产研究机构，全国唯一的川陕哲罗鲑保种单位，国审新品种长吻鮠“川江1号”主持单位和乌鳢“玉龙1号”参与单位。

现有“四川省农业科学院水产研究所”和“四川省水产研究所”两块牌子，所内建有“四川省岩原鲤良种场”，承担“农业农村部长江上游珍稀特有鱼类保护基地”、“长江流域水生生物资源监测四川站”和“长江上游鱼类资源与环境四川省野外科学观测研究站”工作。   

现有在编职工72人，其中有国务院政府津贴专家5人、四川省学术和技术带头人2人、四川省有突出贡献的优秀专家4人、四川省学术和技术带头人后备人选5人、现代农业产业技术体系综合试验站站长2人、四川省淡水鱼创新团队岗位专家4人。

建所以来，致力于鱼类移养驯化、人工繁养、饲料及饲料添加剂、鱼药研究等领域研究，在国内率先成功完成中华鲟、胭脂鱼、大口鲇、长吻鮠、长薄鳅、岩原鲤、中华沙鳅等珍稀特有鱼类的移养驯化和人工养殖技术研究，并在全国推广应用；主持完成了农业部公益性行业（农业）科研专项—— “‘稻-渔’耦合养殖技术研究与示范”、四川省“十二五”“十三五”“十四五”育种攻关等省部级重大项目，承担了现代农业产业技术体系项目——国家大宗淡水鱼类产业技术体系成都综合试验站、国家特色淡水鱼产业技术体系成都综合试验站工作，以及多项国内大、中型水利工程水生生态及水生生物多样性调查与评价。

现阶段主要立足长江上游地理位置优势，开展长江鲟、川陕哲罗鲑等为代表的长江上游旗舰物种保护和研究，负责运行农业部批准建设的“四川省珍稀鱼类国家级自然保护区管理局长宁县长江上游自然保护区珍稀鱼类救护中心”，落实农业农村部“长江鲟（达氏鲟）拯救行动计划(2018—2035)”。同时，重点围绕水产种质资源保护研究、鱼类遗传育种研究、鱼病防治研究、营养与饲料研究、设施渔业研究、渔业水域生态环境保护等领域开展科学研究。提供生态调查评估与鉴定、环境修复、水生生态影响评价、养殖技术咨询、技术服务、技术培训等公益性服务。

先后获得各级重大科技成果奖30多项，其中主持获得省政府科技进步一等奖2项、二等奖3项、三等奖4项，神农中华农业科技成果一等奖1项，全国农牧渔业丰收奖二等奖1项，农业部农业技术推广成果三等奖1项。参与《中国工程院院士建议》1期，制定国家、地方行业标准40余项，发表科技论文500余篇，出版科技著作28部，获国家专利授权80余项。