植物保护学科成立于1998年，植物保护研究中心2020年9月由植物保护学科人员组成，现有研究人员6人，其中副研究员3人，助理研究员2人。

研究方向：1.水稻、高粱、玉米、油菜、萝卜等植物保护新材料、新品种选育、筛选、创制与利用研究。2.作物生物胁迫（病虫草等有害生物）及非生物胁迫（高温、干旱、冷害、洪涝、重金属、盐碱、倒伏和不利土壤Ph等）的灾变机理、规律、预警技术及防治措施的研究。3.主要粮经作物品种抗病虫性鉴定评价及抗源筛选。4.作物品种抗高温、干旱鉴定评价及筛选利用。5.低镉累积品种鉴定评价及筛选利用。6.新农药及防灾减灾调控产品测定及使用技术研究。7.大田药效测评。8.生物农药、复配农药、复配调控产品的研制。9.农作物安全生产技术研究及示范等。

主要成果：承担国家重点研发计划子课题、四川省科技计划项目、四川省引智项目、四川省“十三五”育种攻关及省财政提升工程项目等近十项。《主要农作物抗病性评价与病源菌研究》成果获2005年四川省科技进步二等奖；“四川气候变化对主要农作物生产的影响及防灾减损技术研究与应用”获2016年四川省科技进步二等奖；“水稻高低温灾害预警及防控技术创新与应用”获2021年神农中华农业科技三等奖；《稻瘟菌毒性变异监测、水稻品种抗性评价及病害绿色防控技术》获2015年四川省科技进步三等奖；《广适高产优质泰优99选育及推广》获2014年重庆市科技进步三等奖；《罗沙贡米关键技术集成创新与产业开发》获2012年泸州市科技进步二等奖。泰优99等3个品种分别通过国家、重庆及江西审定。培育的恢复系泸恢1345和泸恢776获品种权授权，两系不育系泸56S及抗（耐）虫恢复系泸恢37申请品种权。两系不育系泸56S通过四川省技术鉴定。四川省育成的首个高抗根肿病萝卜品种“CR川冠1号”通过非主要农作物品种认定。在国内外刊物发表论文60余篇，其中在《Frontiers in plant science》、《Journal of Integrative Plant Biology》等国际知名SCI发表6篇，参与编撰出版专著2部。