生物技术育种与资源研究中心下设水稻生物技术育种研究室、特色作物资源研究室。

水稻生物技术育种室现有科技人员8人，其中研究员2人，副研究员2人，博士2人。主要开展水稻高新育种技术的集成应用、优良新品种的选育及示范推广研究。通过将水稻常规杂交育种与诱变育种、花培育种、高通量分子标记辅助育种技术的结合应用，建立了多技术融合的现代水稻高效精准育种技术体系，先后创制出以花香A、花香7A、川恢907、川恢991为代表的优质、抗病、高配合力水稻新材料10余份通过技术鉴定，培育出以花香7号、花优707为代表的优质高产抗病杂交水稻新品种20余个通过审定。该团队先后承担完成国家、省部级项目20余项，发表学术论文50 余篇，获省部级科技进步奖 3项，在水稻高新技术的集成创新与特异水稻新材料的创制及新品种选育研究领域取得重要成果。

特色作物资源研究室现有科技人员4人，其中副研究员1人，博士3人，硕士1人。主要开展特色经济植物、水稻育种新材料创制和玉米品质相关研究。建立了麦冬全程绿色生态栽培技术体系，指导企业开展麦冬绿色种植并建立了首个麦冬定制药园基地。利用基因编辑技术和转基因技术创造了一批具有重要意义和重大应用前景的作物特异新种质，如水稻镉低富集材料、适合杂交水稻色选机械化制种的红褐色颖壳材料、高蛋氨酸玉米等。先后承担国家、省市项目20余项，获得授权发明专利5项，在国内外重要刊物上发表论文20多篇。