生物技术育种工程中心始建于1998年，下设农作物分子设计、基因改良两个研究室。

中心现有在编科研人员7人，其中高级职称6人，博士6人，四川省千人计划1人、省农科院青年领军人才3人，常年在岗科研助理10余人。中心围绕国家农业发展战略需求和农经作物种质资源创新发展趋势，以基因发掘与修饰利用、育种新方法以及分子设计育种为主要研究方向，利用基因技术、分子标记辅助选择、全基因组选择、远缘杂交及细胞工程等技术创制农作物新材料并培育新品种；同时，结合生产需求，开展特色农经作物绿色高产栽培技术、病毒检测、脱毒快繁以及新品种新技术示范推广。

 “十三五”以来，中心先后主持国家级项目（子课题）7项，其中国家自然科学基金5项，主持其它省市级项目59项；发表一作/通讯作者论文83篇，其中SCI论文44篇；参编专著4部；获发明专利授权17项，获品种权授权3项；参与研制省级地方标准和省级区域性地方标准各1项、省级主推技术2项和技术规程1项；获部省科技进步奖一等奖3项、三等奖2项，市级科技成果奖4项；联合培养硕士研究生5人，开展国际合作交流10人次，接受省内外客座研究人员10余人来所开展合作研究；创制特色育种新材料100余份，推广新品种新技术500万亩以上，培训农技人员、农户3200余人次，为粮食安全、脱贫攻坚和乡村振兴作出了重要贡献。

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