资源与育种研究中心重点开展食药用菌种质资源发掘保藏、新品种选育及野生食用菌驯化研究工作。

栽培与生理研究中心重点开展食药用菌轻简化、工厂化、智能化安全高效栽培技术、病虫害防控技术研究，解析食用菌栽培生理。

保鲜与加工中心重点开展食用菌品质综合评价、绿色高效保鲜、功能成分挖掘和系列产品开发等研究。

微生物生态工程研究中心重点开展微生物生态技术促进土壤栽培食用菌稳产高产、提升土壤肥力与碳库积累，食用菌全产业链副产物资源化利用和农用微生物长期定位研究等。

成果转化研究中心重点开展食用菌新品种和新技术研究集成与示范推广，开展示范基地建设，中试熟化和物化技术研发。